DNA Rekombinan

Pernahkan anda mendengar istilah tanaman transgenik atau Genetically Modified Organism (GMO)? Salah satu contoh tanaman transgenik tembakau yang dapat bependar seperti gambar di bawah ini. 



Sumber: Nature.com



Apa sih GMO itu?
GMO adalah organisme yang secara genetik telah dimodifikasi dengan menambahkan gen asing ke dalam genomnya. 

Bagaimana tahapan untuk isolasi dan purifikasi DNA?
Purifikasi DNA genom
1. Kultivasi sel dalam media yang sesuai
Sel bakteri yang ingin diisolasi genomnya dibiakkan pada media yang sesuai, sehingga mendukung pertumbuhan bakteri. 

2. Pemecahan dinding sel
Pemecahan dinding sel bakteri dapat dilakukan secara fisik (dengan cara sonikasi), secara kimiawi (dengan enzim lisozim, etilen diamin tetra asetat (EDTA), sodium dedosil sulfat (SDS). 

3. Ekstraksi DNA genom
Setelah dinding sel pecah, tahap selanjutnya adalah memisahkan debris sel dengan cara sentrifugasi. Proses sentrifugasi akan memisahkan komponen sel yang tidak larut dengan supernatan sel yang jernih. 

4. Purifikasi DNA
Supernatan sel tersebut mengandung DNA, protein, dan juga RNA dalam jumlah yang cukup besar. Untuk memurnikan DNA, umumnya dilakukan dengan menambahkan larutan fenol atau campuran fenol dan kloroform dengan perbandingan 1:1. Langkah ini bertujuan untuk mengendapkan protein melalui sentrifugasi dan dihancurkan dengan proteinase. Selanjutnya, untuk membersihkan dari RNA, ditambahka RNAse. 

Selanjutnya, molekul DNA dimurnikan melalui "presipitasi etanol." Pada larutan garam dengan suhu -20 derajat celcius, etanol dapat mengendapkan DNA dengan baik, sehingga mudah dipisahkan dengan sentrifugasi. 

Purifikasi DNA plasmid
Ukuran DNA plasmid jauh lebih kecil dibanding ukuran DNA genome. Untuk memperoleh DNA plasmid murni, dapat dilakukan teknik sentrifugasi gradient etidium bromida sesium klorida. 



***



Enzim Restriksi Endonuklease






Enzim restriksi endonuklease berperan dalam memotong molekul DNA pada urutan basa yang sangat spesifik. Gambar di atas menunjukkan beberapa jenis enzim restriksi endonuklease dengan urutan basa spesifik sebagai situs pemotongan enzim tersebut. Pada gambar di atas, dapat pula dilihat dua jenis hasil pemotongan enzim restriksi, yakni enzim yang menghasilkan porongan dengan ujung tumpul (AluI dan HaeIII) dan ujung lengket (BamHI, EcoRI, dan HindIII).


***


Reaksi Digesti

Reaksi digesti DNA oleh enzim restriksi umumnya terjadi pada kondisi optimum. Enzim restriksi umumnya bekerja pada pH 7.4, dengan suhu 37 derajat celcius. Salah satu faktor kunci yang harus diperhatikan dalam melakukan reaksi digesti adalah penggunaan jumlah DNA, enzim, dan buffer dalam volume yang sesuai. Satu unit enzim restriksi akan memotong 1 mikrogram DNA secara sempurna dalam 50 mikroliter reaksi selama 1 jam. 


Bahan Bacaan:






Komentar

Posting Komentar

Postingan populer dari blog ini

Struktur Aerenkim Akar

Berapa Sih Jumlah Total Energi dari Respirasi Seluler?

Menabung Mudah dan Praktis dengan SOBATKU